お役立ちコラム

セカンドハウス売却時の税金と節税対策【完全ガイド】

2025.10.16

3,000万円控除の有無・税率・計算方法まで解説

セカンドハウスの売却を検討している方にとって、税金の負担は大きな不安要素のひとつです。

マイホームとは異なり、セカンドハウスでは3,000万円の特別控除が原則使えないため、利益が出ると高額な税金が発生する可能性があります。

しかし、正しい知識を持って売却時期や特例を検討すれば、税負担を軽減できる場合もあります。

この記事では

セカンドハウス売却時にかかる税金
税額の具体的な計算方法
利用できる可能性のある特例
税金を抑えるためのポイント

を、不動産税制の基礎から分かりやすく解説します。

【結論】セカンドハウスの売却で3,000万円特別控除は原則使えない

最初に結論です。

セカンドハウスを売却する場合、3,000万円特別控除は原則適用されません。

この制度は、居住用財産（マイホーム）の売却を対象とする特例だからです。

そのため

別荘
投資用物件
セカンドハウス

などは通常、対象外となります。

結果として、売却益がそのまま課税対象となり、税負担が大きくなる可能性があります。

マイホーム売却との大きな違い

マイホームを売却する場合は、次の特例があります。

居住用財産の3,000万円特別控除

売却益から3,000万円を控除できます。

例

売却益：4,000万円
控除：3,000万円

課税対象
→ 1,000万円

しかしセカンドハウスでは、この控除が使えないため

売却益：4,000万円
→ 4,000万円すべて課税

となります。

ただし条件次第で3,000万円控除が使える場合もある

以下のようなケースでは、セカンドハウスでも居住用財産として扱われる可能性があります。

適用される可能性があるケース

以前マイホームとして住んでいた
転勤などで一時的に空き家になった
住まなくなってから3年以内に売却

具体的には

「住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日まで」

に売却すれば特例対象になります。

ただし

別荘
投資物件
将来住む予定の家

などは原則対象外です。

セカンドハウス売却でかかる税金の全体像

セカンドハウスを売却すると、主に次の税金が発生します。

税金	内容
譲渡所得税	売却益に対して課税
住民税	譲渡所得に対して課税
印紙税	売買契約書に必要
登録免許税	抵当権抹消など

この中で最も大きいのが譲渡所得税です。

利益に対してかかる「譲渡所得税」

譲渡所得税は

所得税
住民税
復興特別所得税

を合わせた税金です。

税率は所有期間で決まります。

区分	税率
長期譲渡所得（5年超）	20.315%
短期譲渡所得（5年以下）	39.63%

つまり、税率は約2倍違います。

売買契約書に必要な「印紙税」

売買契約書には収入印紙が必要です。

例

契約金額	印紙税
1,000万〜5,000万円	1万円
5,000万〜1億円	3万円

通常は売主と買主で負担します。

抵当権抹消などの登録免許税

住宅ローンがある場合、売却時に

抵当権抹消登記

が必要になります。

税額

不動産1筆につき1,000円

通常は司法書士に依頼するため

費用合計
→ 1〜3万円程度

になることが多いです。

譲渡所得の計算方法【3ステップ】

譲渡所得は次の式で計算します。

譲渡所得 = 売却価格 − (取得費 + 譲渡費用)

ステップ1：取得費を確認

取得費とは

購入価格
仲介手数料
登記費用
リフォーム費用

などです。

ステップ2：譲渡費用を計算

売却時の費用です。

例

仲介手数料
印紙税
測量費
解体費

ステップ3：税率をかける

例

売却価格：5,000万円
取得費：3,000万円
譲渡費用：200万円

譲渡所得

5,000 − (3,000 + 200)
＝ 1,800万円

長期譲渡所得なら

1,800万円 × 20.315% = 約366万円

【注意】取得費が分からない場合

購入書類がない場合

概算取得費

が使えます。

計算方法

売却価格 × 5%

例

売却価格：5,000万円
取得費：250万円

ただしこれは不利になるケースが多いです。

可能な限り

契約書
登記書類
不動産会社

などで取得費を確認しましょう。

最大の節税ポイントは「所有期間」

税率は

5年を境に半分になります。

利益	短期	長期
1,000万円	約396万円	約203万円

差額

約193万円

可能であれば、5年超まで待って売却するのが有利です。

所有期間の数え方【重要】

所有期間は

売却した年の1月1日時点

で判定します。

例

購入
2019年6月

売却
2024年3月

→2024年1月1日時点

所有期間
4年7か月

結果
短期譲渡所得

セカンドハウス売却で使える特例

条件次第で税金を減らせる制度があります。

①3,000万円特別控除

条件

以前住んでいた住宅
3年以内の売却
親族売買でない

②相続した場合の取得費加算

相続した不動産は

相続税の一部を取得費に加算

できます。

条件

相続税を支払っている
相続から3年10か月以内に売却

【重要】売却損が出ても損益通算できない

セカンドハウスの売却損は

給与所得
事業所得

と相殺できません。

また

繰越控除も不可

です。

売却後は確定申告が必要

売却益が出た場合

確定申告が必要です。

申告期間

翌年2月16日〜3月15日

必要書類

売買契約書
仲介手数料領収書
取得費資料
譲渡所得内訳書

売却前チェックリスト

売却前に確認しましょう。

所有期間5年超か
取得費の証明書類
特例の適用可否
売却タイミング
譲渡費用

誰に相談すべき？不動産会社と税理士

不動産会社

売却価格査定
売却手続き

税理士

税額試算
節税アドバイス

税金が数百万円変わるケースもあるため

売却前に税理士相談が重要です。

まとめ

セカンドハウス売却では

3,000万円控除が原則使えない
税率は最大39.63%
所有期間5年が節税のポイント